El municipio se sitúa en terrenos planos por lo que se facilita que el agua se acumule y propicie la formación de variado tipo de cuerpos de agua, los más importantes son Santa Elena, San Clemente, Hierbabuena, La Soledad, El Toril, Los Árboles, San Jacinto, Cuendo, La Redonda, La Gorupa y Pasteje.

Los manantiales de mayor caudal son: Las Fuentes que abastece de agua potable a la cabecera municipal; "Las Fuentes" de Los Reyes que sirve al pueblo del mismo nombre; "Las Tazas" junto a Tiacaque y Santa Cruz en el ejido Santiago Yeche.

También existen cerca de San Juan Coajomulco algunos manantiales no denominados. Los bordos son: Zacualpan, Xora, Santiago Yeche, San Clemente, Hierbabuena, La Soledad, Ojo Caliente y El Toril.